Учебный план Томскнефть-класса включает в себя углубленное изучение математики, физики, химии и информатики. Особое внимание уделяется практическим занятиям и лабораторным работам, которые позволяют учащимся применять полученные знания на практике. В рамках учебного процесса проводятся экскурсии на предприятия "Томскнефть ВНК", где учащиеся знакомятся с технологическими процессами и современным оборудованием. Также организуются встречи с ведущими специалистами компании, которые делятся своим опытом и знаниями. Учащиеся активно участвуют в научно-исследовательской работе, выступают с докладами на конференциях и конкурсах.